Родился в Твери в семье партийного работника. Латыш. По-русски говорил лучше, чем по-латышски. Его отец - Карл Янович Пуго - был участником революции и Гражданской войны, подпольщиком, "латышским стрелком", затем секретарем Рижского горкома партии.
Окончил Рижский Политехнический институт. Член КПСС с 1963 года. С 1961 года на комсомольской работе: секретарь комитета комсомола завода, затем второй и первый секретарь райкома комсомола, затем заведующий сектором ЦК ЛКСМ, затем первый секретарь ЦК ЛКСМ, затем секретарь ЦК ВЛКСМ, затем инспектор ЦК КПСС, затем заведующий отделом ЦК Компартии Латвии, затем первый секретарь Рижского горкома партии.
С 1977 года работал в КГБ Латвийской ССР. С 1980 года председатель комитета государственной безопасности Латвийской ССР.
Был первым секретарем ЦК Компартии Латвии (1984-1988). Был депутатом Верховного Совета СССР одиннадцатого созыва.
Был членом ЦК КПСС (1986-1990). Председатель комитета партийного контроля при ЦК КПСС (1988-1990) и кандидат в члены Политбюро ЦК КПСС в сентябре 1989 - июле 1990. Член и председатель ЦКК КПСС в июле 1990-апреле 1991 .
С 11 декабря 1990 года министр внутренних дел СССР (сменил на этом посту В. В. Бакатина, уволенного М. С. Горбачёвым в отставку).
4 февраля 1991 года Борису Пуго было присвоено воинское звание генерал-полковника.
С марта 1991 г. - член Совета безопасности СССР.
В августе 1991 отдыхал с семьей в Крыму. Возвратился в Москву 18 августа.
Прокуратурой СССР в отношении Пуго Б. К. возбуждено уголовное дело за участие в антиконституционном заговоре, за членство в ГКЧП. В Москве ему позвонил В. А. Крючков и пригласил в Кремль, где в ночь на 19-е был образован ГКЧП.
22 августа 1991 года, не дожидаясь ареста, застрелился.